Le plus connu des marabouts des Aït Ben Haddou est Sidi Ali ou Amer dont le tombeau se situe au Nord-Est du ksar. La version moderne de son mausolée a été construite en 1976 sur une petite colline. La tradition orale concernant la construction du mausolée d’origine avance deux versions : la première dit que le mausolée a été construit il y a 300 ans. Lors de son retour de La Mecque, El Hadj Haddou eut une vision où Sidi Ali ou Amer lui ordonnait de construire une coupole sur sa tombe. La seconde dit qu’un homme de Tikirt (Aït Baâli) avait un enfant paralysé. On lui conseilla de l’amener à Sidi Ali ou Amer. Celui-ci construisit une hutte près du tombeau du saint où l’enfant passa la nuit. Le lendemain, il était guéri. Plein d’enthousiasme, le père de l’enfant vint chez les Aït ben Haddou et leur proposa de payer la moitié des frais pour élever le mausolée. Quant à l’origine de Sidi Ali ou Amer, on trouve trois versions : l’une avance que le saint est venu de Tazarine n’Aït Atta pour entreprendre la guerre sainte contre les Portugais. Il y trouva la mort avec une centaine de ses compagnons et fut enterré sur place. L’autre version dit qu’il est venu de Tamgrout et s’est installé chez les Aït ben Haddou. Avant sa mort, il aurait demandé à ses proches de le mettre sur le dos d’une chamelle et de l’enterrer là où elle s’arrêterait. Quand à la troisième, elle avance que Sidi Ali ou Amer était originaire de la région d’Essaouira, ce serait donc, selon cette version, un saint Regragui. Les Aït ben Haddou célèbrent le moussem de ce marabout le deuxième samedi de Juin. La djemaâ gère une caisse destinée au moussem, où chaque famille verse une somme d’argent. La somme recueillie sert à l’achat de deux vaches pour le sacrifice. La première est égorgée le vendredi près de la mosquée d’Issiroid, le nouveau village, de l’autre côté de l’oued ; la viande est répartie entre les habitants. La seconde, qui doit entièrement être de couleur rouge, est égorgée le samedi devant le mausolée du saint. Sa viande est préparée le jour même sur place dans un espace entouré d’un mur en pisé composé de quatre compartiments séparés de murets auprès desquels se trouvent des petits fours utilisés chaque moussem. La viande est préparée avec des légumes et du couscous et est servie à tous les participants du moussem. Ensuite commencent les manifestations de danse ahouach qui continuent dans la nuit au nouveau village.
Le saint est fréquenté pour solliciter sa baraka. Le jour du moussem, on commence la visite (ziraya) par la lecture de quelques versets du Coran et de quelques louanges. Ces actes sont pris en charge par les tolbas qui reçoivent des offrandes des visiteurs et qui offrent également des bougies au saint ; certains sacrifient un poulet ou un mouton. Le saint est visité par les femmes stériles et les jeunes filles désirant se marier. Les premières préparent ce qu’on appelle le maarouf. Elles visitent le saint le samedi et font du couscous au poulet, ces derniers étant égorgés par le frère ou le père de la femme stérile. Celle-ci se lave ensuite avec l’eau du puits situé près du mausolée. Enfin, la femme stérile pose une poignée d’orge sur le tombeau du saint. Quant aux jeunes filles, elles prennent des foulards où elles nouent une poignée d’orge que chacune d’elles jette trois fois dans les assises des lobes de la coupole du mausolée. Si le foulard y reste accroché c’est bon signe.
Le saint est également visité pour épargner des maladies ou pour trouver du travail. Entre le mausolée et le puits, se trouve un arbre appelé amrad, l’acacia, le seul de son espèce dans la région, puisqu’il ne pousse que dans les régions sahariennes. Sur cet arbre, les femmes accrochent des touffes de leurs cheveux peignés pour guérir les maux de tête. D’autre part, celui qui vent se venger d’un ennemi, prend une épine de l’épineux qu’il enfonce dans le mur de la maison de ce dernier. A proximité du mausolée de Sidi Ali ou Amer, se trouve une autre saint appelé Sidi Tayeb ou Lehbib dont le tombeau est entouré de quatre murs de pierre en ruines. Les gens disent qu’il ne supporte pas la toiture qu’on y met : une fois construite, elle finit par s’effondrer. Dans les envions du mausolée, on trouve deux anciens cimetières : au Nord, à 200 mètres, les restes de l’ancien cimetière juif assez vaste ; et au Sud-Ouest, le cimetière musulman. Autrefois, ce dernier était divisé en parcelles dont le nombre était équivant aux ikhsans des Aït ben Haddou. Ainsi chaque famille ne pouvait enterrer ses morts que dans la partie qui lui appartenait.
Le moussem de Sidi Ali ou Amer est progressivement délaissé par la population. Seul quelques anciens perpétue la tradition aujourd’hui.